Aastal 2000 toimus Soomaal soode-teemaline seminar. Paari järgneva aasta jooksul osalesid soode ümarlaual mitmete organisatsioonide esindajad (nt Keskkonnaministeeriumist, TLÜ ökoloogia instuudist, kaitsealade administratsioonidest, TÜ erinevatest osakondadest, esindajad turbatootjate hulgast jmt). Kuna aruteluteemasid jätkus, viiski kooskäimine MTÜ Märgalade Ühingu asutamiskoosolekuni 2001. aaastal. Mõned kuud hiljem, 2002. aasta 12. märtsil registreeriti MTÜ Eesti Märgalade Ühing ametlikult.